خانه شیخ الاسلام دارای حیاط بسیار بزرگی است که فضاهای اصلی در شمال و جنوب آن ساخته شده اند. این حیاط غالبا محل برگزاری مراسم مذهبی بوده و محوطه سازی آن با سایر خانه های اصفهان متفاوت می باشد. به این ترتیب که یک حوض نسبتا کوچک مقابل ایوان شمالی و دو باغچه به شکل هشت ضلعی در دو سوی است.

مهم ترین فضای خانه، ایوان وسیع ستون داری است که در میانه ضلع جنوبی حیاط قرار گرفته است. این ایوان و دو گوشوار آن مرتفع ترین بخش خانه می باشند و وجود سقف شیبداری بر فراز ایوان، این ارتفاع را افزایش می دهد. سبک خاص معماری این بخش باعث تمایز این خانه از سایر خانه های هم دوره خود شده. دهانه وسیع ایوان، فضای آن را به ادامه فضای باز حیاط مبدل ساخته و وجود حوض و فواره در فضای ایوان بر این استمرار تاکید می کند. در انتهای ایوان، شاه نشین بزرگی قرار دارد که از پشت به فضای دیگری مرتبط است. همچنین دو اتاق در طرفین شاه نشین واقعند که از یک سو به ایوان و از سوی دیگر به شاه نشین مرتبط می باشند. این اتاق ها دارای شکل، اندازه و پوشش های متفاوتی هستند. تزئینات متنوع گچبری، آینه کاری و مقرنس در فضای ایوان و شاه نشین آن بر اهمیت این بخش خانه تاکید می کند.

جبهه شمالی خانه، ارتفاعی معادل یک طبقه دارد. تالار میانه این جبهه با یک ارسی پنج دهنه به حیاط مشرف می شود و در طرفین آن دو اتاق سه دری واقع شده است. در جبهه غربی حیاط یک ایوان کم عمق ستون دار در میانه و دو غرفه در دو سوی آن قرار دارد که برای نشستن و تماشای مراسم تعزیه و عزاداری مورد استفاده قرار می گرفته اند. ضلع شرقی حیاط از یک سکوی سراسری و یک اتاق سه دری تشکیل شده و دیوار آن مشابه با تقسیمات جبهه غربی نماسازی شده .

در گوشه جنوب غربی بنا، حیاط کوچکی واقع شده که توسط یک راهرو باریک به حیاط اصلی مرتبط می شود. در جبهه های شمالی و شرقی این حیاط به ترتیب یک تالار و یک اتاق سه دری قرار گرفته اند. ورودی خانه دارای هشتی بزرگ مشترکی با خانه های همسایه است و از گوشه شمال غربی به حیاط راه می یابد. این خانه در تاریخ 29 شهریور 1353 با شماره ثبت 997 به عنوان یکی از آثار ملی ایران به ثبت رسیده است.