سنگ های مزار دیگری نیز در این بنا وجود دارد که تاریخهای 773، 790، 810 و 897 بر آنها حک شده. یک کتیبه سنگ مرمر در محراب بقعه نصب است که تاریخ 878 دارد. مدفون اولیه این بنا، سلطان محمود شاه، پسر بزرگتر و جانشین شیخ تقی الدین دادا محمد، بوده است. پس از او عده دیگری از مشایخ سلسله محمود شاه بر دیوار کنار محراب نصب بوده که در دوره معاصر به سرقت رفته است. سطح مزار وی از کاشیهای مسدس فیروزه ای پوشیده است.

براساس مندرجات تاریخ جدید یزد، بانی اولیه این مجموعه، شیخ تقی الدین دادا محمد، عارف و زاهد مشهور قرن هفتم هجری قمری بوده است. او به فرمان مرشد خود به اردکان رفت و در بُندَر آباد، خانقاهی ساخت و در نزد مردم احترام یافت. پس از آن، قاضی یزد، شهاب الدین مسعود، در سلک مریدان شیخ درآمد و شیخ در یزد اقامت کرد. شیخ تقی الدین در سال 700 در بندرآباد وفات یافت و فرزندانش او را در خانقاه آنجا دفن کردند؛ ولی سه روز بعد، به حکم قاضی شهاب الدین و بنا بر وصیت شیخ، قبرش را نبش و جسدش را به بقعه ای در محله سرآب نو یزد منتقل کردند. خانقاه شیخ تقی الدین پس از آن آرامگاه فرزندان و نوادگان وی شد.

این مجموعه از مقبره، مسجد، حسینیه، بازار، حمام، مضیف، کاروانسرا، آب انبار و ... تشکیل شده است. بخشهایی از بدنه بیرونی مجموعه برج و بارو دارد و صورت قلعه یافته است. امروزه مشخص نیست که این برج و باروها بخشی از قلعه پیرامون شهر و مجموعه آرامگاه متصل به آن بوده است یا آنکه در گذشته مجموعه بزرگتر بوده و همه آن به صورت قلعه با برج و بارو محصور بوده است.

چنان که گذشت، مقبره در نیمه دوم قرن هفتم هجری قمری ساخته است. این بنا گنبدخانه ای با قاعده مربع است که محرابی از کاشی در ضلع جنوب غربی آن وجود دارد. یازده مزار در این فضا دیده می شود. در شمال شرقی مقبره، حسینیه واقع است که صحنی در میانه با چهار ایوان و غرفاتی پیرامون آن و هشتی و سردر دارد. در شمال غربی حسینیه، مسجد قرار دارد. مسجد صحنی مربع شکل و دو ایوان رفیع در شمال شرقی و جنوب غربی دارد. گنبدخانه مسجد در سمت قبله و در پشت ایوان جنوب غربی قرار گرفته است. داخل گنبد رسمی بندی است و محراب آن مقرنس گچی و کاشی کاری معرق دارد. منبر آجری بزرگ کنار محراب با کاشیهای فیروزه ای و لاجوردی زینت یافته است.

با توجه به نقشه مجموعه، معلوم است که محور بنای حسینیه با محور مقبره کمی اختلاف دارد و محور مسجد نیز با محور حسینیه موازی نیست. این تغییر محورها از شکل گیری تدریجی مجموعه حکایت می کند و اینکه در هر دوره سعی شده تا جهت گیری به سمت قبله اصلاح گردد. بناهای دیگری نیز در جنوب شرقی جبهه قرار دارد که شامل راسته بازاری در میانه و یک مضیف و یک کاروانسرا در دو سوی آن است. این بازار قبلا سرپوشیده بوده، اما امروزه سقف آن فروریخته است. در انتهای بازار، یک فضای باز وجود دارد که به بناهای طرفین بازار راه دارد. در شمال شرقی این قسمت، گنبدخانه ای قرار گرفته که سقف آن از بین رفته است. همچنین یک حمام روبه روی سردر بازار بوده که امروزه تنها قسمت هایی از آن باقی است. سردر باقی مانده این حمام تزیینات معقلی دارد.